Описание
Действие второй части манги происходит спустя 2 с половиной года после событий. Вернувшийся и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но при этом в отличие от сверстников так и остался в звании гэнина. Какаси как несколько лет назад устроил Наруто и Сакуре испытание с колокольчиком, и те победили хитростью: Удзумаки стал вслух рассказывать содержание нового романа Дзирайи, и ещё не знакомый с сюжетом Хатакэ, поклонник писательского таланта Дзирайи, просто закрыл глаза (дабы сяринган не прочёл по губам) и уши руками.
Вскоре после этого юноша был втянут в крупную миссию по спасению похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси лёг в больницу, и Цунадэ сформировала новую четвёрку — помимо Наруто и Сакуры в неё вошли пролоббированный Дандзо член тайной организации «Корень АНБУ» Сай и подконтрольный Хокагэ член АНБУ Ямато, в итоге и назначенный капитаном.
В таком составе они отправились к мосту, где, по признанию умиравшего Сасори, он должен был встретиться со своим шпионом, некогда подосланным к Оротимару. Им оказался Кабуто, который на самом деле давно предал Сасори. В операции всё пошло не так, как планировалось: Сай втёрся в доверие появившегося Оротимару, передав ему собранные Дандзо данные о членах АНБУ, а Ямато и Сакура были вынуждены тратить время на то, чтобы подавить пробудившегося из-за злости Наруто Лиса, в результате чего у юноши даже появилось 4 хвоста. Уже втроём они преследовали своих противников: им удалось выяснить, что настоящая цель Сая — убийство Саскэ, однако в результате попытки этого сделать не удалось: Оротимару, Кабуто и сам Саскэ скрылись, утверждая, что оставляют соперников в живых «чтобы те уничтожили побольше членов Акацуки». После этого Сай объявил другим членам команды, что ни смотря ни на что, он понимал их чувства и желание вернуть друга в Коноху, и в итоге он остался в команде.
Выздоровевший Какаси совместно с Ямато помог Наруто усовершенствовать технику Расэнгана, включив в неё использование стихии ветра. С помощью техники Расэнган-сюрикэна в битве с Какудзу он смог уничтожить сразу два сердца противника из пяти, внеся огромный вклад в победу сражавшихся. После этого до Конохи докатилась шокирующая новость — Саскэ убил Оротимару, и Цунадэ поручила сформировать большую команду, целью которой было обнаружение следов Утихи на территории страны. Благодаря Кибе и Акамару, учуявшим запах Саскэ, им удалось напасть на его след. Однако Тоби преградил им путь на время, достаточное, чтобы закончился бой между Саскэ и Итати. После этого Тоби перенёс Саскэ в логово Акацуки, тем самым оставив цель разведывательной команды невыполненной.
После известия о гибели Дзирайи Наруто вместе с жабой Фукасаку отправился на гору Мёбоку для изучения сэндзюцу и овладения Режимом Отшельника. Вскоре после этого на Коноху нападали Пэйн и Конан. Узнавший об этом только с помощью Симы, Наруто отправился обратно и вступил в бой. Во время сражения с последним, шестым, телом Пэйна, когда у Наруто проявилось уже 8 хвостов, в подсознании юноши возник образ Четвёртого Хокагэ,[4] который не только раскрыл правду о том, кто же его родители, и позволил сыну вернуть контроль над собой, но и сообщил, что за нападением Лиса на Коноху 15 лет назад стоял лидер Акацуки. После этого Наруто уничтожает шестое тело Пэйна и находит Нагато. Понявший свои ошибки и вспомнивший, благодаря Наруто, о своей мечте о мире, Нагато воскрешает всех погибших при его нападении на Коноху ценой собственной жизни. Конан решает покинуть Акацуки. Наруто становится героем деревни.
В связи с созывом Совета Пяти Кагэ Наруто вместе с Какаси и Ямато решает встретиться с Четвёртым Райкагэ, дабы убедить его не объявлять Саскэ международным преступником. Но Райкагэ, на брата которого Саскэ и напал, отказал ему.
